Lluc Capellà acaba de ser ordenat sacerdot i es prepara per partir cap a Burundi quan una telefonada del bisbe l'obligarà a canviar els plans. Haurà de substituir el rector vell de Sant Jeroni de la Roca, un petit poble de la costa de Mallorca, que justament ara celebra les festes. Després d'una arribada prou accidentada, el jove sacerdot descobrirà la manera peculiar com els veïnats honren el patró.

Amb l'arribada del mal temps surten goteres a l'església i en Lluc haurà de trobar la manera de finançar la reparació de la teulada. A més, l'obra fa impossible dir missa al temple i la decisió d'en Lluc de traslladar-la a la plaça de manera provisional obrirà un debat al poble. En Colau, el batle, no ho posarà gaire fàcil.

En Puput, que s'ha fet càrrec de l'obra de l'església i que també fa feina per al batle pintant el seu despatx, s'ho enginya per mirar de treure doblers extra de les dues parts. L'operació, però, no li surt com havia previst. D'altra banda, na Magdalena i don Cristòfol noten que en Lluc té un comportament estrany. Aquest capellà amaga qualque cosa.

Na Coloma fa mala via amb una hòstia, i per poc no mor allà mateix, enmig de l'església. Per evitar més ensurts, en Lluc opta per canviar les hòsties, però això indigna na Petra, que tota la vida n'ha estat la proveïdora. En Colau aprofita l'enfrontament per posar el poble contra en Lluc. El jove capellà adoptarà una mesura excepcional.

L'obra de l'església posa en perill la integritat de la imatge de Sant Jeroni i en Lluc decideix retirar-la de manera temporal. Tan bon punt s'assabenten que la imatge ha estat retirada de l'església, na Magdalena i na Petra inicien una batalla per a la custòdia de la figura, que totes dues volen tenir a ca seva. En Xesc mirarà de treure profit d'aquesta situació. Mentre, en Colau farà tot quant pugui per aconseguir el quòrum suficient per tal que el curs de cuina per a homes tiri endavant. Na Blanca i en Lluc es coneixen més bé.

En Colau, ateu furibund, té el disgust de la seva vida. El seu fill, en David, li comunica que té previst casar-se per l'església amb l'al·lota, n'Anna, que és neboda de na Magdalena. En Colau no dubtarà a jugar brut per tal d'intentar que aquest matrimoni religiós no es produeixi. D'altra banda l'arribada d'una escolana per substituir en Xesc generarà un allau de crítiques, sobretot per part de don Cristòfol.

Na Bàrbara i na Coloma veuen com en Lluc i na Blanca tenen una trobada d'amagat i parteixen plegats. El rumor d'una suposada relació s'estén per tot el poble, cosa que genera un problema important a en Lluc, que no sap com demostrar davant les beates que és innocent. D'altra banda, es convoquen oposicions a conserge municipal. En Tianet, que pensava que la plaça seria per a ell, s'adona que no és l'únic que s'hi presenta.

N'Amador, pare de na Victòria i company ideològic d'en Colau de tota la vida, mor enmig d'una partida de cartes. Per a sorpresa de tothom, en el testament demana que li facin un funeral catòlic, cosa que don Cristòfol no pot consentir. Na Blanca mira d'organitzar una coral per cantar durant la cerimònia religiosa i, tot d'una, en Colau n'organitza una altra de paral·lela per fer un homenatge laic. El conflicte esclata.

En Colau ha comprat una embarcació per a la vila i es prepara tot per a l'avarada. Don Cristòfol, com no podia ser d'altra manera, no està massa d'acord amb el nom que el batle ha triat "la Passionària", i es negarà a beneir l'embarcació. L'avarada té un final inesperat que farà que Sant Jeroni de la Roca no vulgui saber res d'en Tianet, a qui veuen tocat per la mala sort.

De cop i volta, na Coloma s'enamora d'en Vicenç, l'home de na Petra, i li escriu una carta d'amor. Però en Colau l'intercepta i l'aprofita per fer xantatge a en Vicenç. Al final, però, la jugada no li sortirà com ell es pensava. Una col·lecta per ajudar els nins de Burundi farà entendre a en Lluc que, a Sant Jeroni, tenen una manera pròpia de fer les coses.

Na Bàrbara ha engegat en Colau després d'haver trobat a la butxaca d'una jaqueta la carta d'amor que na Coloma va escriure a en Vicenç. En Colau s'instal·la a viure al despatx fins que en Lluc se'n compadeix i l'acull a la rectoria. En Colau, emperò, descarregarà la frustració amb tots el que l'envolten. Ningú no podrà fugir de la còlera del batle de la Roca.

Arran de la renovació dels vots matrimonials, en Colau reprèn la lluita contra el catolicisme. Aquesta vegada simularà haver-se convertit i ser el més devot dels cristians, cosa que l'enfrontarà amb Don Cristòfol. Mentre, en Lluc té una crisi de fe provocada per l'amistat amb na Blanca.

En Lluc anuncia que ha d'escriure una carta personal, cosa que inquieta la gent del poble. Na Coloma i na Lurdes es barallen per mor d'una missa i en Lluc descobrirà l'origen d'aquesta enemistat. Na Petra i en Vicenç encarreguen matar una porcella a en Puput. En Puput ho intentarà d'una manera un tant particular.

En Lluc anuncia que se'n va de Sant Jeroni i que un altre capellà el substituirà. Aquest fet, juntament amb la mort d'en Mingo, provoca una crisi institucional davant la possibilitat que el poble no arribi als mil habitants, el mínim necessari per mantenir l'Ajuntament. En Colau farà tot el possible perquè Sant Jeroni de la Roca no perdi la categoria de poble.

Algú ha deixat un infant a la porta de la rectoria, cosa que provoca el retorn d'en Lluc; el problema és que, a Sant Jeroni, s'estén el rumor que és un fill d'en Lluc. No són males notícies per a tothom, ja que aquest naixement a la Roca pot fer que tornin a ser mil habitants. El nin s'ha d'empadronar i no només això; també li han de posar un nom.

A Sant Jeroni hi ha un debat generalitzat sobre si s'ha de batiar o no el nin abandonat en el capítol anterior. La mare de l'infant es confessa davant en Lluc, que l'intenta convèncer perquè se'n faci càrrec, cosa que posa en Lluc en una situació difícil. Per altra banda, en Colau intentarà aprofitar els esdeveniments a favor seu.

En Colau s'encaparrota a fer les primeres noces gais de Sant Jeroni. El problema és que el gai és fill de na Lurdes i que no es vol casar. En Lluc insistirà perquè n'Antònia i en Joan, fills de na Lurdes, confessin a la mare els pecats. Això no caurà gens bé a na Lurdes, qui haurà de suportar els comentaris i les bromes de mal gust dels habitants del poble.

En Colau acomiada en Tianet i en Lluc l'agafa d'escolà. En Tianet resultarà ser un treballador excepcional, cosa que indignarà en Xesc. D'altra banda, en Puput, que està enfadat amb el batle perquè no li paga, durà a terme actes vandàlics amb repercussions insospitades. A més d'això, un curs de planificació familiar escandalitzarà els habitants de la Roca.

Dins uns quants llibres vells de don Cristòfol, que la parròquia ha regalat a la biblioteca municipal, hi troben un petit tresor en pessetes Els beats consideren que els doblers han de tornar a la parròquia, però en Colau farà tot el possible per no tornar-los. D'altra banda, algú del poble ha agafat el costum de robar la bacina.

Don Cristòfol condueix cada dia pitjor i posa en perill la vida dels habitants de Sant Jeroni de la Roca. En Lluc demana a na Magdalena que el convenci perquè deixi de conduir. Na Magdalena demana a en Puput que faci una feineta al cotxe de don Cristòfol. Na Coloma, que s'ha ferit una cama a classe de gimnàstica, perd una ovella.

Epidèmia de grip a Sant Jeroni. En Lluc, na Petra i en Colau en són víctimes. Aquest fet provocarà la substitució temporal dels tres: en Tianet serà el batle en funcions; en Vicenç, l'amo del bar, i don Cristòfol, el capellà titular. Això provocarà esdeveniments insospitats al poble.

Arran d'una conversa amb madò Assumpció, una senyora gran del poble que està tota sola, en Lluc proposa la creació d'un servei d'atenció a la gent gran. En Colau intentarà treure profit d'aquesta situació. Al final es crearà un servei de voluntariat per fer companyia a la gent gran, amb resultats peculiars.

Els votants retreuen, a en Colau, que no ha complert cap de les promeses electorals. En Colau, per pal·liar les crítiques anuncia la construcció d'un poliesportiu. El problema és que al solar on el vol construir, hi ha una antiga capelleta de la Mare de Déu del Carme, que pertany a l'Església. Això coincideix amb l'anunci que fa el bisbe de visitar Sant Jeroni. En Lluc comana a na Petra el dinar per al bisbe, cosa que no agrada a na Magdalena.

L'Ajuntament de Sant Jeroni continua encaparrotat a construir un poliesportiu al solar on hi ha l'antiga capelleta de la Mare de Déu del Carme, que pertany a l'Església. Aquest fet provocarà una divisió en el poble, divisió que afectarà les eleccions imminents a la Batlia, a les quals es presentarà un candidat peculiar.

Per a escàndol de tothom, na Fina de Son Magre s'instal·la a la rectoria amb els dos fills. Diu que el seu homo l'ha engegada. En Lluc intenta fer recapacitar en Tomàs però la cosa no li surt bé. Mentre, Sant Jeroni de la Roca viu eleccions i don Cristòfol i en Colau fan servir tot tipus de recursos per convèncer els votants i, si pot ser, de pas, perjudicar la imatge del contrincant. Les urnes decideixen qui serà el batle del poble els pròxims quatre anys.

Don Cristòfol ha guanyat les eleccions i en Colau no té més remei que tornar a la feina d'abans de ser batle: taxista. El capellà comença a prendre decisions polèmiques. Una d'elles serà canviar el nom dels carrers del poble, cosa que generarà un cert caos i les primeres protestes dels veïns. Al mateix temps s'escampa el rumor que el professor de religió de l'escola es vol divorciar. En Lluc tendrà molts de problemes per fer entendre a don Cristòfol que ara que és batle ja no es pot ficar en segons quins temes morals. A més, na Blanca torna acompanyada de n'Ernest, que va en cadira de rodes.

La telenovel·la que s'emet per televisió és a punt d'acabar i les beates, que estan molt intrigades per saber com acaba, deixen d'anar a missa. Don Cristòfol, molt enfadat, pren una decisió dràstica. La vida sense televisió al poble esdevé un infern. D'altra banda, na Blanca aconsella en Lluc sobre com tractar els infants ara que ell és el professor de religió. El pobre Ernest, que fa tots els possibles per recuperar-se, patirà una experiència dolorosa.

A Sant Jeroni de la Roca hi ha els ànims molt remoguts . Don Cristòfol, el batle, anuncia una reforma moral i treu una altra ordenança municipal que posa en peu de guerra els treballadors de l'Ajuntament, animats per en Colau. En Lluc haurà de posar les coses a lloc. Per part seva, na Lurdes començarà a rebre classes de conduir amb el taxi d'en Colau. N'Ernest confessarà a en Lluc que té intencions de tornar amb na Blanca.

Don Cristòfol, després d'aplegar en Joan i el seu al·lot besant-se al carrer, treu una ordenança municipal per prohibir els actes afectuosos en llocs públics. En Joan anuncia que es vol casar per la via civil i don Cristòfol, és clar, s'hi oposa. Aquesta qüestió fa enfadar en Lluc, que intenta fer entendre a l'antic rector que ara ha d'actuar com a batle i no com a capellà. Finalment, hi haurà d'intervenir el bisbe. Mentrestant en Colau pateix un ensurt amb el taxi.

Na Lurdes té obsessió a trobar un home per a la seva filla, n'Antònia, i en Tianet és al punt de mira. Això emprenyarà molt na Bàrbara, que no vol tenir res a veure amb la família de na Lurdes. Al mateix temps les explicacions de na Blanca a la classe d'Educació per a la Ciutadania generen un conflicte greu amb les beates del poble. En Colau, que torna a ser el batle de la Roca, posa en marxa una campanya de recollida selectiva de fems que empipa molt els veïnats.

Dues notícies completament oposades revolucionaran el poble. Per una banda, madò Maria, a qui na Lurdes cuida de fa anys, decideix en el llit de mort deixar totes les propietats a l'Església, cosa que na Lurdes no considera justa. I per altra, na Victòria, obligada a deixar les classes, esdevé el centre de totes les mirades, especialment quan s'escampa la notícia que està embarassada i no sabem qui és el pare de la criatura.

En Colau aprofita que na Bàrbara no hi és per organitzar una festa a ca seva. Allà en Vicenç veu unes quantes fotografies antigues en què na Petra i en Puput hi surten plegats. Arran d'això, en Vicenç creu que na Petra té un 'affaire' amb en Puput, mentre que na Petra està convençuda que el seu home manté una relació amb na Coloma. Aquesta beata pateix davant les preguntes sobre el pa i el vi que els al·lots, que han de fer la primera comunió, li plantegen.

Els al·lots han de fer la primera comunió, però no tots n'estan tan preparats. Mentre que na Carmeta només pensa en els regals que rebrà, en Toni, el fill petit de na Fina de Son Magre, està ben conscienciat i té moltes ganes de rebre aquest sagrament. Una discussió entre son pare i sa mare sobre els doblers que els costarà la celebració, empeny l'al·lot a fer una cosa inesperada. D'altra banda, na Lurdes es vol desfer del porc que té perquè menja massa, però matar-lo no serà fàcil.

Un fet tràgic commocionarà els veïnats de Sant Jeroni de la Roca. En Xesc, l'escolà, patirà una experiència molt desgraciada que marcarà la seva vida per sempre. Per una vegada, el poble deixarà de banda els xafardejos i les disputes habituals per fer pinya al costat del jove.

La incapacitat per entendre què és l'Esperit Sant provoca una crisi de fe a na Coloma, que no aconsegueix que ningú no li pugui explicar de manera clara. Mentre, na Lurdes i na Petra es barallen per un tema més banal. Les dues es volen quedar un cosidor que s'ha restaurat a les classes de na Victòria. El problema és que na Victòria l'ha regalat a en Xesc, perquè ell el regali a na Magdalena. Don Cristòfol rep la visita d'una neboda, una monja especialista en sembrar discòrdia.

Don Cristòfol serà el protagonista d'aquest capítol de "Mossèn Capellà", ja que celebra les noces d'or de capellà. La intenció d'en Lluc i de la resta de feligresos és la de fer una festa per aquest esdeveniment, però don Cristòfol es pensa que tot el que vol fer només és una maniobra per jubilar-lo. A més, durant la preparació dels actes d'homenatge, en Lluc descobrirà el secret més ben guardat de na Magdalena, secret que ella intentarà per tots els mitjans que no surti a la llum.

N'Anna, la neboda de na Magdalena, ha abandonat el seu marit, en David, fill del batle, i cerca refugi a la rectoria. En David va a cercar-la i malgrat els esforços de na Bàrbara i na Magdalena per mantenir la situació en secret, tot d'una s'escampa pel poble que la parella viu una crisi. Tothom hi té qualque cosa a dir i encara que en Lluc fa tot quant pot per posar-hi pau, na Bàrbara i na Magdalena faran qualque cosa més que dir-se paraules gruixudes.

Una lectura durant la missa revolucionarà les dones de Sant Jeroni de la Roca. Aprofitant la situació, en Colau lidera una recollida de signatures destinades al Vaticà en la qual s'exigeix que l'Església demani perdó pel tracte discriminatori dispensat a les dones durant tants de segles. A més d'intervenir en aquest punt, en Lluc intentarà ajudar n'Anna, la neboda de na Magdalena, i en David, el fill d'en Colau, a resoldre els problemes que tenen: el fill que esperen és a punt de néixer i ells encara estan enfadats.